До колкото си спомням преди и при мен имаше нещо подобно - badge-овете на AppStore иконката се виждаха, а на никое от приложенията нямаше опция за update.
Мисля, че проблема се реши като вързах телефона към iTunes и синхронизирах. Не знам дали си пробвал, може и да помогне.
